Hazırda Mərkəzi Nəbatat Bağının strukturunda İnformasiya texnologiyaları və ictimaiyyətlə əlaqələr şöbəsi, “Ağac və kol bitkiləri”, “Nadir və nəsli kəsilməkdə olan bitkilər”, “Örtülü şəraitdə becərilən bitkilər”, “Çiçəkçilik” və “Bitkilərin mühafizəsi və monitorinqi” laboratoriyaları ilə yanaşı, “Toxumçuluq” və “Bitkilərin xəstəlik və ziyanvericilərinə qarşı mübarizə” sektorları fəaliyyət göstərir. Mərkəzi Nəbatat Bağında 130 əməkdaş, o cümlədən 29 nəfər elmi işçi çalışır ki, onlardan 1 nəfəri AMEA-nın müxbir üzvü, 3 nəfəri elmlər doktoru, 14 nəfəri isə fəlsəfə doktorudur.